Ynes, encuentro un poco confuso el planteamiento... veamos si capte la idea.
Se enteran al fisco 88,000.00 pesos de ISR Retenido por Salarios, más accesorios de 2,000.00, total 90,000.00
Posterior al entero de los impuestos retenidos, resulta que un cheque expedido para el pago de una liquidación y que reportaba un ISR Retenido de 35,000.00 se cancela por "x" o "y" motivo, lo que deja en el escenario de que el pago enterado es incorrecto, ya que el ISR Retenido no son los 88,000.00 enterados, si no tan solo 53,000.00, esto toda vez que los 35,000.00 siempre no se retuvieron por la cancelación de la liquidación, ¿Cierto?
Ahora bien, ello les ubica en la necesidad de presentar una declaración complementaria, en la que se van a eliminar esos 35,000.00 indebidamente enterados... Al modificar el nuevo saldo a cargo, igualmente se van a modificar los accesorios correspondientes... al enfrentar el pago enterado con anterioridad, los 90,000.00, se va a generar un Saldo a Favor por Pago Indebido, ¿De cuánto?, para definirlo es necesario tener los números en concreto de la complementaria... Ese saldo a favor por Pago Indebido es suceptible a devolución y/o compensación universal. Pero a mi ver y entender la devolución/compensación a la que se va a tener derecho puede incluir tanto el impuesto enterado en forma errada como los accesorios correspondientes, ya que en escencia el fisco recibe el total del pago, pero no era, por lo que debe regresarme todo lo que no debí enterarle....