determinacionl de impuesto segun art 41 cff

buenas noches a todos les expongo el siguiente caso, para que de ser posible puedan apoyarme para resolverlo adecuadamente y de antemano muchas gracias.

un contribuyente no atendio de manera consecutiva 3 requerimientos de iva del mes de septiembre del año 2011 notificados por el sat por lo que el sat procedio a determinarle un iva a cargo con fundamento en el art 41 fraccion II del cff y el contribuyente realizo dicho pago via formulario proporcionad por el sat.
el contribuyente va a regularizar su situacion fiscal por el ejercicio 2011 ya que no habia presentado nada de pagos.
la pregunta es:

es factible acreditar el pago realizado via formulario, en la declaracion normal del mes de septiembre? o cual seria el procedimiento.

muchas gracias nuevamente y espero su apoyo

muchas gracias lobozac sosgtorreon por su opinion les expongo la situacion real:
la autoridad me determino en base a las ultimas 6 declaraciones mensuales de iva de ejercicios anteriores la mayor que habia pagado y el importe detrminado fue de 19,386.00 correspondientes al mes de septiembre, que fue la declaracion requerida y no atendida en tres ocaciones. el contribuyente paga ese importe via "formulario de pago" no por formato de declaracion.
al momento de elaborar los papeles de trabajo mensuales de todo el año 2011 resulta que en septiembre 2011 determino un iva a cargo de 8,650.este importe es sin considerar el pago determinado por la autoridad enbase al 41 fraccion II del cff.($19,386.)
mi intenciones acreditarlo en papeles de trabajo y continuar acreditando el saldo a favor en meses subsecuentes. y llegado el momento si se presenta alguna revision soportarlo con los papeles de trabajo que ya forman parte de la contabilidad.
pero esto esta ya ligado para efectos del isr, ietu diot. como se manejaria para estos impuestos y declaracion informativa.

por su valiosa aportacion mil gracias.