Al revisar e integrar cifras para las anuales te encuentras que en IVA en octubre hay un saldo a favor, en noviembre y diciembre el pago se hizo en forma incorrecta, se pago algo a lo que no estaban obligados. ¿Octubre lo presentaron en ceros?, ¿Saldo a favor menor al que determnias de 1,000.00?
La existencia de un saldo a favor no obliga a su acreditamiento total, por lo que ello te posibilita a que procedas conforme a la opción1. Incluso voy a dar por descontado que la presentación de la declaración complementaria va a ser mediante el D y P (pago referenciado), con lo que al ingresar el acreditamiento del saldo a favor de periodos anteriores, alimentas la cantidad que vas a acreditar, la información de la delcaración en que consta, incluso se lleva un control del saldo por decir lo menos, ya que anotas el saldo original y el monto que aplicas... por lo que podemos decir el esquema de D y P te favorece para plasmar lo que pretendes. Reitero, a mi ver es factible acreditar una parte de ese saldo en noviembre, otra en diciembre, etc., tal como lo señalas en la opción 1.
Ahora que siendo puristas y aplicando la opción 2, conviene señalar que el saldo a favor por el pago indebido que se va a generar respecto al mes de noviembre, puedes compensarlo contra los saldos a cargo de diciembre y enero, por lo que en principio no debe existir desembolso alguno.
En conclusión, la opción 1 yo la percibo viable, la opción 2 podemos decir resulta ser un criterio conservador, criterios que por lo regular resultan aconsejables y sanos para evitar conflictos de opiniones con las autoridades, desde luego la decisión es personal, uno solo emite opiniones. Me parece respetas el flujo de recursos para la determinación de los pagos, incluso percibo que la determinación de estos nuevos saldos es producto de eso, aplicar en forma correcta las diposiciones aplicables para IVA, una vez que confrontas lo que tenias contra lo que rehaces, resulta esta situación... No veo que sea manipulación, si no aplicación de un saldo a favor en forma segmentada.