Error en RFC en declaraciones anuales pasadas

Saludando al foro, presento esta duda en busca de su ayuda.
En las declaraciones fiscales anuales como persona física del 2009, 2010 y 2011, la realicé con la homoclave incorrecta en la hoja de retenciones que proporciona la empresa empleadora. La corrección se realizó en 2012, pero en el SAT las solicitudes de devolución de impuestos estan detenidas debido a errores con el empleador y con el monto del ISR retenido, pero en el detalle de los mensajes no habla del RFC.
Mis dudas son:
¿El SAT me va a solicitar la corrección de las hojas de retenciones de los años pasados para entonces hacer las correcciones con una declaración complementaria o se puede corregir con algún otro procedimiento directamente en el SAT?
¿La empresa empleadora me puede emitir nuevamente las hojas de retenciones con el RFC correcto de años pasados o esta imposibilitada de hacerlo?
¿Puedo hacer estas correcciones on line o tengo que ir personalmente al SAT para hacer el trámite?

Agradeciendo de antemano su atención y orientación al respecto, quedo a sus órdenes.

Saludos!