Duda en la regla 1.3.28.1

Tengo una duda en relacion al regimen intermedio ya que la regla 1.3.28.1 dice en su segundo parrafo que los pagos del ISR se efectuaran por la totalidad del ISR que corresponda en los términos del Titulo IV, Capítulo II, Sección II de la Ley del ISR, sin hacer LA SEPARACION DEL PAGO A QUE SE REFIEREN LOS DOS PRIMEROS PARRAFOS DEL ARTICULO 136 BIS.

Según consulta con el SAT me dicen que haga caso omiso a lo establecido en esa regla y que separe el 5% del estado y lo que corresponda a la federacion. Pero mi duda es que lo expresado en Mayusculas dice todo lo contrario. Para que entonces me ponen esa regla en la miscelanea. Mi estado tiene convenio de cobro con la federación. Alguien tiene experiencia en la aplicacion de esta disposicion?

Yo tambien he querido aplicar esa regla, ya que es mas comoda, pero los de finanzas de mi estado (JALISCO) ni siquiera la conocen.
Intesesante el tema.