¿El error en la facturacion a quien resulta imputable?, dado que expones se las detecta el SAT supongo es por una auditoria, lo que nos lleva a pensar pueda tratarse de facturas de años anteriores... asi las cosas la refacturacion va a tener grandes complicaciones, por que es poco probable -por no decir imposible- cuentes con los folios suficientes y disponibles para acceder a la peticion...
En lo particular no me ha tocado enfrentar dicha situacion ante el fisco, pero asumo que puede el contribuyente auditado intentar dialogar y convencer a la autoridad demostrando la forma de pago, que si se realizo con cheque y para abono en cuenta, !genial!, al igual que resulta de utilidad el intercambio de correspondencia entre cliente y proveedor donde se exponga el caso, peticion e imposibilidad practica de re-facturar con folios correspondientes a aquellas fechas...
Muestren ustedes como proveedor la voluntad de re-facturar con folios correspondientes al periodo en curso y con fecha actual, citando una leyenda en cada factura aludiendo que repone al folio tal, de fecha tal... quiza con ello la autoridad ceda un poco...