garay, adjunto la parte del artículo 116 de ISR que parece ser ya leíste pero no explicas si lo estás aplicando en su totalidad, lo separo en conceptos para mejor comprensión de su lectura:
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La diferencia que resulte a cargo del contribuyente en los términos de este artículo se enterará ante
las oficinas autorizadas a más tardar en el mes de febrero siguiente al año de calendario de que se trate.
La diferencia que resulte a favor del contribuyente deberá compensarse contra la retención del mes de
diciembre y las retenciones sucesivas, a más tardar dentro del año de calendario posterior.
El contribuyente podrá solicitar a las autoridades fiscales la devolución de las cantidades no compensadas,en los términos que señale el Servicio de Administración Tributaria mediante reglas de carácter general.
El retenedor deberá compensar los saldos a favor de un contribuyente contra las cantidades retenidas
a las demás personas a las que les haga pagos que sean ingresos de los mencionados en este Capítulo,
siempre que se trate de contribuyentes que no estén obligados a presentar declaración anual.
El retenedor recabará la documentación comprobatoria de las cantidades compensadas que haya
entregado al trabajador con saldo a favor.
Cuando no sea posible compensar los saldos a favor de un trabajador a que se refiere el párrafo anterior o sólo se pueda hacer en forma parcial, el trabajador podrá solicitar la devolución correspondiente, siempre que el retenedor señale en la constancia a que se refiere la fracción III del artículo 118 de esta Ley, el monto que le hubiere compensado.
Trataré de explicar lo que hacíamos en la agencia:
"la diferencia de los trabajadores que salieron a cargo se entera en febrero y se carga a cuentas por cobrar, subcuenta cada trabajador porque estamos pagándole al SAT el ISR que a ellos no se les retuvo durante el año y luego durante las nóminas de marzo en adelante se les retiene el importe accesible y suficiente para saldar su deuda con la empresa y que no sea gravoso para los trabajadores. Por ejemplo, si normalmente se les descuentan 200 ahora se les descuenta 220 siendo el extra un abono a cuenta de su adeudo y se contabiliza al pagar la nómina con un abono a impuestos por pagar 200 y a deudores diversos 20, y así durante el año hasta que cada trabajador que salió a cargo nos reintegre su ISR que por las diferencias a su cargo la empresa le pagó al SAT en febrero."
"Para el caso de los que salieron a favor se les deja de retener en las nóminas subsecuentes hasta que se cubra el importe que el SAT recibió de más en 2009 por parte de cada uno de esos trabajadores que salieron a favor, es decir si normalmente se les retienen 200 al mes y el saldo a favor es 400, durante dos meses no habrá retención al trabajador y éste ya quedará a mano con el SAT, por así decirlo, haberse "cobrado a lo chino"."
"Si se acaba el año 2010 y era tanto el saldo a favor y eran tan pequeñas las retenciones que no alcanzó a "devolverse a lo chino", entonces el trabajador podrá solicitar la devolución del remanente directamente al SAT"
"Aunque dice el artículo: el patrón deberá (obligatoriamente) compensar los saldos a favor contra los saldos a cargo, en las revisiones que tuvimos jamás se objetó el que no lo hiciésemos así ya que manejamos saldos a cargo y saldos a favor cada uno por su parte. Si con el dinero que le debes pagar al SAT correspondiente a los que salieron a cargo lo utilizas para devolverles su saldo a favor a los que les corresponde (dices que son más de la mitad) tal vez ya no tengas nada que enterar al SAT a más tardar el 28 de febrero, pero debes seguir controlando en tus papeles de trabajo los descuentos a los de a cargo y las menores retenciones a los de a favor que no alcancen a ser resarcidos en su totalidad.
