Buena tarde:
A reserva de lo que nos pueda comentar el C. P. Castillo, comento lo siguiente:
Considero que el Instituto Politécncio Nacional, no viene efectuando las retenciones en virtud de que es un
órgano desconcentrado de la Secretaría de Educación Pública Fundamento Legal: Artículo 2 de la LEY ORGÁNICA DEL INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL),
la obligación de efectuar la retención en los términos del artículo 1o.-A de la LIVA, es para la Federación y sus organismos descentralizados. (Fundamento legal: Tercer Párrafo del Artículo 3 de la LIVA).
Diferencias entre organismo público descentralido y organo desconcentrado.
Concepto de organismos descentralizados
El artículo 45 de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, señala: Son organismos descentralizados las entidades creadas por ley o decreto del Congreso de la Unión o por decreto del Ejecutivo Federal, con personalidad jurídica y patrimonio propios, cualquiera que sea la estructura legal que adopten.
Concepto de organismo desconcentrado, extraído de la página
www.definicion.org/organo-desconcentrado
:
Forma de organización que pertenece a las Secretarías de Estado y Departamentos Administrativos para la más eficaz atención y eficiente despacho de los asuntos de su competencia.
Los órganos desconcentrados no tienen personalidad jurídica ni patrimonio propio, jerárquicamente están subordinados a las dependencias de la administración pública a que pertenecen, y sus facultades son específicas para resolver sobre la materia y ámbito territorial que se determine en cada caso por la ley.
Considero que es en el propio Instituto Politecnico Nacional, donde te pueden sacar de duda. 
