ayuda con refacturacion

Hola les comento la situacion que se me presenta, yo persona moral lleve un equipo minero (scoop tram) a reparar con un mecanico persona fisica y constantemente le estuve haciendo pagos a cuenta de la reparacion total de la maquina.. y cada abono que yo le hacia se supone debia de facturarme , cosa que hizo pero nunca me dio esas facturas son de 2007 2008 y 2009 osea que yo en mi contabilidad las tenia como anticipos a proveedores y nunca considere ese iva de esas facturas de los abonos porque no contaba con las facturas ahora en 2011 me dice que si me facturo pero nunca me las dio que se puede hacer en este caso... refacturacion ?? como considerariamos el iva ? al 16%?

saludos