Buena noche:
La Regla I.2.9.3., de la RMF para 2012, dispone lo siguiente:
Expedición de comprobantes simplificados
I.2.9.3. Para los efectos del artículo 29-C del CFF, cuando los contribuyentes expidan comprobantes fiscales simplificados conjuntamente con CFDI, CFD o comprobantes fiscales impresos con dispositivo de seguridad, deberán elaborar al menos un comprobante fiscal al mes que abarque las operaciones con el público en general de dicho periodo utilizando para ello la clave del RFC genérico a que se refiere la regla I.2.7.1.2., donde consten los números de folio correspondientes a los comprobantes fiscales simplificados que avalen las citadas operaciones.
Los comprobantes fiscales mensuales señalados en el párrafo anterior, se formularán con base en los comprobantes fiscales simplificados, separando el monto del IVA a cargo del contribuyente.
CFF 29-C, RMF 2012 I.2.7.1.2.
En relación con los libros y registros contables, te sugiero analizar tanto el artículo 28 de Código Fiscal de la Federación, como el artículo 29 del Reglamento del Código Fiscal de la Federacion.
Saludos