Ayuda facturar pagos parciales de PER. MORAL

Buenos dias

Resulta que soy una persona moral y le facturo a CFE le facturo electronicamente por medios propios por el ADMIPAQ

En tonces por ejemplo:

De lo facturado es $1,200,000 y el cliente ( CFE) ME PAGA NADA MAS $600,000 Y OTRO PAGO DE $300,000. Y OCUPA QUE LE HAGA OTRA FACTURA ANOTANDO $1,200.000 -$600,000 ACTA SALDO$600,000 -300,000 OTRO PAGO=SALDO$300,000.
SI LO PUEDO FACTUAR NUEVAMENTE PARA QUE SE REFLEJEN LO QUE ME ESTA PAGANDO Y SALDO QUE VA QUEDANDO O ¿ DEBO SOLICITAR UNOS FOLIOS Especiales para cada pago que me de a cuenta?

Hola caperuso:
Pues realmente te está pagando en parcialidades , mismo que deben emitirse comprobantes fiscales de conformidad con lo dispuesto por el inciso b) de la fracción VII del Artículo 29-A del Código fiscal de la Federación y demas disposiciones vigentes aplicables.(si son nuevos folios)