Buen día,
A reserva de los comentarios de los colegas con mayor experiencia, te comento:
De acuerdo a la LISR este tipo de contribuyentes pf con actividad empresarial y profesional que adicional obtienen ingresos por salarios, están obligados a acumular ambos ingresos informándolos mediante la declaración anual. Comunmente desconocen que existe esta obligación más aún cuando no obtienen ningún ingreso por la actividad emp y prof. por lo que "debieron haber informado al empleador que no les hiciera el cálculo anual ya que tendrían la obligación de presentarlo por cuenta propia".
Lo correcto sería presentar de los últimos 5 ejercicios (2008-2012) las declaraciones provisionales, anuales, informativas mensuales (diot, lietu de 2008-2010) y anuales agregando los ingresos por salarios, de ésto último es complicado que el contribuyente haya obtenido dichas constancias de sus empleadores y solicitarlas a éstas alturas puede llegar a dificultarse. Sin embargo, si se desea cumplir al 100% con la obligación tengo entendido de acuerdo a información del chat-sat que el contribuyente puede solicitar la información de sus ingresos por salarios presentado por su empleador(es) de esos ejercicios, en la administración local previa cita en orientación fiscal tal vez llevando algún recibo de nómina para demostrar que trabajo en esas empresas, ojo: no le darían la constancia como tal sino solamente los datos de ingresos y retenciones, pero con ello se procedería a llenar las declaraciones anuales. De lo contrario sino se obtiene dicha información, a presentarla solamente en ceros por actividad empresarial y profesional.
Para el ej. 2012 posiblemente encuentres los datos de sus ingresos, retenciones y su resultado (a cargo o a favor ) mediante la aplicación de Declaración automática, inclusive ahí podrías agregar lo concerniente a la actividad empresarial y enviarla por ese medio.
Saludos
