Error en Pago Referenciado SAT

Buenos dias a toda la comunidad, expongo mi caso:

Llevamos la contabilidad de tres empresas de una familia, la empresa "A" es una Persona Moral Regimen General de Ley, y las empresas "B" y "C" son Personas Fisicas con Actividad Empresarial

En esta semana se enviaron via email el acuse del pago correspodiente al mes a la Empresa "A" que es la Persona Moral, obligado a pagar por internet, el detalle es que el Gerente que administar las 3 empresas(El jefe de Famillia) realiza el pago atravez de internet pero la cuenta bancaria de Empresa "B" Persona Fisica con Actividad Empresarial, es el hijo del gerente y socio de la Persona Moral.

Que puedo ser ahi, el pago ya esta recibido en los servidores del SAT, el acuse YA aparece declaracione pagadas, referencia BANCARIA aparece la cuenta bancaria de la empresa "B".

Que se vuelva a pagar y que pida devolucion como pago de lo indebido o en su caso que haga escrito a la autoridad???

Buenas tardes, Debes reconocer los movimientos contables en ambas empresas, en cuanto a las obligaciones fiscales, ya están cumplidas!! De preferencia no volver a repetir ésta situación !!!

¿el pago fué el correcto?
¿la única diferencia, fué que se pagó con una cuenta distinta a la empresa?