...Bien, puedes empezar por identificar el Régimen Fiscal del Contribuyente, consultando la Constancia de Situación Fiscal en el Portal SAT (necesitas su RFC y contraseña).
Mencionas que descargaste las declaraciones mensuales presentadas (eso entendí), bueno, pues en esas mismas te darás cuenta en que Régimen se presentaron.
Con eso y con la documentación original, o bien con los XML expedidos y recibidos disponibles en el Portal SAT, podrás integrar la información contable y cuadrar lo presentado en cuanto a INGRESOS, DEDUCCIONES e IMPUESTOS, ya con eso tendrás las cifras para la Declaración Anual 2014 que deberá coincidir con la declaración mensual de Diciembre.
Una vez integrada y cuadrada la información contable mes por mes, tendrás la información para las DIOT, que básicamente es un resumen con el RFC, importe del servicio o producto, y el IVA, esa información la alimentas al programa DIOT que previamente tendrás descargado e instalado, la validas y la envías.
En cuanto a la sección de IVA en la Declaración Anual, se activa al seleccionar dicho concepto; en base a lo declarado cada mes, deberás indicarlo en la Dec Anual, es decir, si resulto IVA a favor, lo viable en la Dec Anual es señalar "acreditamiento", o si se aplicó algún saldo a favor como compensación, eso es lo que indicarás en la Dec Anual. La opción "Devolución" no me parece recomendable por las características que mencionas, pero si la vas a solicitar, entonces selecciona esa opción.
Saludos