El SAT me agrego claves de obligaciones!

Es una Persona Moral Con Fines No Lucrativos que originalmente se dio de alta con una sola clave del ISR. En la cedula tambien aparecia esa clave. Posteriormente agregamos la de Retenciones del ISR por salarios. Hoy, aprovechando que reforzamos la clave CIEC pedi una reimpresión de Cedula y aparecen dos obligaciones mas! las cuales son:

30 Proporcionar la información del IVA que se solicite en las declaraciones del ISR. Con fecha de alta 01-01-2002.
579 Presentar la declaracion mensual donde se informe sobre las operaciones con terceros para efectos de IVA. Con fecha de alta 01-09-2006.

Dichas obligaciones nunca las dio de alta el representante legal. Lo malo es que, supongo que debemos presentar la famosa DIOT y a parte corregir las declaraciones anuales desde el 2002 al 2006 poniendoles un cero en la seccion de IVA donde le puse “No Aplica”. Es verdad mi suposición o hay alguna manera de librarse de esto?? Gracias de antemano.