Flete en Importacion?

Buenas tardes y gracias por su ayuda; tengo la siguiente duda en una importacion:

Tengo una factura por el valor de la mercancia que se importara;
y tengo
otra factura por el pago de flete de la mercancia.

al momento de la importacion en el pedimento solo se esta considerando el valor de la factura de la mercancia para el cobro de iva y los impuestos de importacion; mas no se esta considerando el valor de la factura de el flete; dichos gastos de el flete no considerados en la importacion serian no deducibles...? ¿cual es el procedimiento para que estos gastos sean deducibles; se deben de considerar en el valor de la importacion para su deducibilidad?

Les agradezco su ayuda; ya que no tengo mucha experiencia con esto de las importaciones......

El pedimento sólo considerara el valor de la factura (invoice).

ahora, el flete es internacional o nacional. Si es itnernacional, me imagino que le diste un anticipo a un agente aduanal, que realizó esos gastos por tí, si es así, el agente te debe de dar una factura (que se llama cuenta de gastos), amparando todos los gastos que hiciste, incluyendo sus honorarios y otros gastos.

Si el flete es nacional, con que tengas la factura con los requisitos de ley es suficiente, y es perfectamente deducible.

Solo recuerda, que este flete, para fines financieros, forma parte del costo de la merancía