Cuando se inicio con la obligación, si existian problemas cuando se pagaban en parcialidades, pero eso cambio a raíz del parrafo resaltado en negritas:
Art. 32, Fracc. III, LIVA
Cuando el comprobante ampare actos o actividades por los que se deba pagar el impuesto al valor agregado, en el mismo se deberá señalar en forma expresa si el pago de la contraprestación se hace en una sola exhibición o en parcialidades. Cuando la contraprestación se pague en una sola exhibición, en el comprobante se deberá indicar el importe total de la operación y el monto equivalente al impuesto que se traslada. Si la contraprestación se paga en parcialidades, en el comprobante que se expida por el acto o actividad de que se trate, se deberá indicar además el importe total de la parcialidad que se cubre en ese momento, y el monto equivalente al impuesto que se traslada sobre dicha parcialidad.
Cuando el pago de la contraprestación se haga en parcialidades, por el pago que de las mismas se haga con posterioridad a la fecha en la que se hubiera expedido el comprobante a que se refiere el párrafo anterior, los contribuyentes deberán expedir un comprobante por cada una de esas parcialidades, el cual deberá ser impreso en los establecimientos autorizados para tal efecto por el Servicio de Administración Tributaria y contener los requisitos previstos en las fracciones I, II, III y IV del artículo 29-A del Código Fiscal de la Federación, así como anotar el importe de la parcialidad que ampare, la forma como se realizó el pago de la parcialidad, el monto del impuesto trasladado, el monto del impuesto retenido, en su caso, y el número y fecha del documento que se hubiera expedido en los términos del párrafo anterior amparando la enajenación de bienes, el otorgamiento de su uso o goce temporal o la prestación del servicio de que se trate.
Los contribuyentes que ejerzan la opción de anotar el importe de las parcialidades que se paguen, en el reverso del comprobante en los términos del artículo 134, fracción II de la Ley del Impuesto sobre la Renta, deberán anotar la fecha de pago, el monto del impuesto trasladado y, en su caso, el monto del impuesto retenido. En este supuesto, los contribuyentes no estarán obligados a expedir los comprobantes por cada una de las parcialidades. [/b]