En primer lugar y de conformidad con el Art. 29-A último párrafo del CFF te encuentras obligado:
Los contribuyentes que realicen operaciones con el publico en general, respecto de dichas operaciones deberán expedir comprobantes simplificados en los términos que señale el Reglamento de este Código.
La unica salvedad al respecto, es cuando las realizas a traves de monedero electronico, que al parecer no es, en tu caso.
Por lo que, tu como contribuyente independientemente del régimen en que te encuentras, te encuentras obligado a expedir comprobantes fiscales por tus operaciones, ya sean con todos los requisitos o bien simplificados.
De conformidad con lo dispuesto en el artículo 37, fracción I, del Reglamento del Código Fiscal de la Federación, en relación con las fracciones I, II y III del artículo 29-A del Código Fiscal de la Federación, los comprobantes fiscales simplificados, que únicamente pueden expedirse cuando se trate de operaciones realizadas con el público en general, sin desglose del impuesto al valor agregado, deben satisfacer los siguientes requisitos: Contener impresos el nombre, denominación o razón social, el domicilio fiscal y la clave del Registro Federal de Contribuyentes de quien los expide; y si éste tiene más de un local, deberá precisarse el domicilio del establecimiento en el que se expidan; el número de folio; y, además, el lugar y fecha de expedición, así como el importe total de la operación consignado en número y letra.
Por otro lado, en la misma acta de visita domiciliaria y de conformidad con las reglas que para su practica establece el Art. 49 del CFF, deben estar plasmadas las circunstancias de los hechos o las omisiones descubiertas por la Autoridad, en esa misma acta, se te debe conceder un plazo de 3 días hábiles contados a partir de la notificación para que desvirtues las irregularidades con las debidas pruebas y los alegatos correspondientes (Art. 49 Fracc. VI)
Y una vez que hayas presentado lo anterior la Autoridad formula la resolución respectiva, tomando en consideración las pruebas que tu hayas aportado.
Por ultimo y en cuanto al decreto del año 2003 a que haces mención, no encontre nada al respecto, si pudieras dar mas información al respecto.
SALUDOS