El calculo del ISR no se hace por concepto, se suman todos los ingresos. No es posible darte una respuesta sin conocer los números, esto no funciona de esa manera.
Lo que puedes hacer es dividir lo que te quitan entre el total de ingresos y el porcentaje que te de, es la tasa efectiva, aplicale esa tasa a tu tiempo extra y te dara un aproximado.