Retención en exceso

Hay dos binomios que atender en el caso, según yo... Empresa (patrón) / Empleado y el otro es Empresa (patrón) / SAT.
El primero de ellos me parece ya lo atendió recursos humanos, al menos es lo que se concluye cuando expresas que se retuvo en exceso en la primer quincena y que lo regresaron en la segunda. Por lo que las cosas entre patrón y empleados están bien y sin bronca.
El segundo, te comento... si recursos humanos primero retiene demás, luego lo regresa, ¿Cómo lo dejaron plasmado en las nominas?, digo, porque el patrón lo entera por mes... pero bueno, al punto, como no avisan a tiempo, quiere decir que el patrón pago ISR en exceso, presenta complementaria, genera efectivamente "Saldo a favor por pago indebido" y solicita la devolución.