calculo anual

La duda es al siguiente, en caso de tener un trabajador que recibió la primer quincena del año un pago como asimilados a honorarios y posteriormente empezó a trabajar como empleado de la empresa, al realizar el calculo anual y resultarle a cargo ¿se tendría que pagar ISR por sueldos o por asimilados a salarios??

gracias

gracias por la respuesta maestro, creo saber por donde va su pregunta que en el caso de tener 2 empleadores pues el trabajador tendria que presentar su declaracion anual, pero en este caso el empleador fue el mismo, es un doctor que trabajo como asimilados el primer mes solo iba cuando se le necesitaba para ciertas operaciones, por el volumen de que empezaron a tener en la empresa se le contrata ya como trabajador de planta. en conclucion estuvo los 12 meses con el mismo patron