Primero lo primero; ¡Bien Llegad@ a casa!
Ahora si, atendiendo lo que expones, como dijera el celebra asesino Jack el destripador, ¡Vamos por partes!
Las exenciones son de aplicación estricta (favor de remitirse al artículo 5 de CFF para mejor comprensión), es decir, para algo este exento debe estar así considerado o dispuesto en forma expresa, de lo contrario debes asumir que esta gravado. En materia de ISR, que asumo es la inquietud central, los ingresos exentos para las personas físicas (un asalariado es persona física, Título IV, Capítulo I de LISR) los encontramos contemplados en el artículo 93 de la ley de la materia. Por lo que se refiere a ingresos exentos para asalariados se recomienda dar lectura al menos a las primeras XVII fracciones del referido art. 93 de LISR.
Pero como muestra de apoyo te digo, ¿Las vacaciones qué son?, respuesta, son sustitutas del salario, por tanto gozan de su misma naturaleza, con esto decimos, si el sueldo no esta exento de ISR y si las vacaciones son sustitutas del salario, luego entonces para efectos de ISR las vacaciones ________________ (completa el silogismo)
El bono de productividad, ¿Exento o gravado?, otro silogismo ¿Va?, si las exenciones son de aplicación estricta, si el bono de productividad no viene contemplado como ingreso exento, luego entonces el bono de productividad para efectos de ISR esta _____________.
Ayuda de transporte, ayuda de habitación y vales de despensa, pueden llegar a calificar como previsión social, si se les esta dando dicho trato entonces pueden llegar a estar exentas de ISR, pero saber si cumplen o no para ser consideras en su particular caso como previsión social solo lo pueden saber y definir ustedes, ¿Cumplen?, ¿Cómo saberlo?, ¿Dónde reviso?, sugiero la lectura del artículo 7, quinto párrafo, el 27 fracción XI, y el 93 fracción IX y penúltimo párrafo, todos de LISR. La despensa,cuando dices "vales", ¿Son vales o monederos?