no se si te entendí bien compañero, pero dices que pones su apellido en el paterno.
Ya probaste a ponerlo en el materno, porque a los hijos naturales lo que no les reconocían era el apellido paterno.
En todo caso, creo que lo mas cuerdo sería aplicar el registro que ya tiene, pues entiendo que ya ha estado registrado, ya que citas que no concuerda con el que tiene el IMSS.