Diferencia de IMSS por trabajador nuevo??

Hola! estuve revisando los temas y no encontre ninguno similar a este caso, haber si me pueden ayudar, Dos duenas de un negocio (el negocio a nombre de X y Y lo atiende ellas son pareja)y tienen una trabajadora inscrita en el IMSS, un dia que esta Y en el negocio llegan los del IMSS revisando y le dicen que necesitan firme los documentos y se identifique, total ella lo hace y dias despues le llegan conque ella es trabajadora y firmo y dio informacion de esto (cosa que no es cierto), ellas trataron de explicar que es una empresa familiar pues son pareja, pero los del IMSS no reconocieron este tipo de pareja (mismo sexo), entonces entre tanta alegadera de que cada una tiene un negocio igual y se ayudan entre ellas, hicieron a X que inscribiera a Y en el IMSS para que no tenga problemas, tiene que pagar desde Enero por ella, ahora mi duda es, ya pago lo de la trabajadora ya registrada, se tienen que generar los diskettes con diferencia de IMSS?? estuve viendo que las diferencias es por errores etc.. pero no estoy segura si puedo hacerlo por una trabajadora mas y como ya pago lo de una (la inscrita) ahora la diferencia seria por la nueva por la revision, estaria correcto hacerlo asi??? estoy casi segura que asi es y anteriormente lo he hecho por diferencias mas no por un trabajador no inscrito.. como ven... estaria correcto????? porque serian 4 meses del mismo patron y pues ya pago por una de sus trabajadoras... espero me puedan ayudar, tal vez es muy obvio y yo misma me conteste, pero quiero saber si alguien ha pasado por algo asi o si estoy mal... gracias de antemano

para no tener datos diferentes de un mismo patrón en varias computadoras, porque posteriormente al generar los pagos futuros se tendrá que actualizar la base de datos, se puede hacer en la misma PC donde esta el SUA que usa regularmente, antes que todo un respaldo, despues asegurese de tener los disco de pago normales efectuados y los INPC y recargos actualizados, si no es así se pueden crear con la información existente, solo hay que hacerlo en pago oportuno, generar el disco y guardarlo, verifique que los importes sean los mismos de los pagados sin act. y recargos si los hubiera, ya teniendo esto, se captura el nuevo trabajador con la fecha desde que se debe pagar, a continuación generar los nuevos discos de pago, estos últimos solo nos van a servir para calcular las diferencia, procuren generarlos en pago oportuno (las act. y rec. vendrán despues), con este par de discos por cada mes que se desee pagar, ingresar al módulo de pagos --> Pago de diferencias, selecionar en tipo de documento 04 pago patronal complementario y seguir las instrucciones indicadas, se ocupará un tercer disco para guardar las diferencias, y listo