Buenas noches.
Veamos sus datos:
Si quincenalmente les entregan a cada uno 3,109.30, equivale a $6,218.60 mensuales o a $204.55 diarios.
Si esto lo contemplan como no integrable para IMSS, debiera ser lo equivalente al 10% del SBC del trabajador, y resultaría un salario mensual nominal integrado e informado al seguro de $62,186.00 o de $2,045.50 diarios, pero..................
Resulta que la cotización para salarios en el IMSS, está "topado" en 25 SMGDF, es decir $1,495.50 diarios, es decir, $550.00 SUPERIOR por día a dicho tope. Como dices que no se integra, tendrás que ver si el monto de salarios reportados para efectos de cuotas del IMSS contempla dicho monto y, si como dices, no es así, habrá que corregir esa anomalía.
Por lo que se refiere al ISR, corres el riesgo de que lo no reportado para efectos de IMSS y demás contribuciones sociales, no deba considerarse deducible.
En consecuencia el IETU sufre también modificaciones.
En resumen... tienes razón de estar preocupado y te sugiero que revises y apoyes tu revisión con las bases legales correspondientes, para que se los plantees a quien corresponda.
Ahora bien, si no entendí cabalmente tu planteamiento, te pido lo hagas saber para que se te pueda dar una asesoría por parte de todos o algunos de los varios expertos que esta página tiene.
Esperando tu respuesta, envío un cordial saludo a todos los compañeros foristas.