Dscto por falta en una empresa c/Prevision Social

Hola a todos:

Si una empresa maneja la Previsión social, logicamente en el seguro social no esta dado de alta el trabajador con su salario real, por el concepto que se tiene por la misma. Por ejemplo, esta dado de alta en el seguro social con $99.46, su sueldo neto semanal es de $1,200.00 y esta conformado de la siguiente manera:

Percepciones
Sueldo bruto $660.03
alimentacion $331.52
habitacion $331.52
fondo de ahorro patron $7.05

Deducciones
Dscto alimentacion $78.00
Dscto habitacion $78.00
Fondo ahorro trabajador $7.05
ISR Retenido $37.12
Subsidio al Empleo $ 93.63
IMSS $16.53

Asi queda integrado su recibo, mi duda es: Si el trabajador falto un dia, debo descontarle proporcionalmente a todo??
Si trabajo un dia extra, solo le pago de acuerdo con su SDI? No entra la parte de prevision social??

Espero haberme dado a entender. Muchas gracias de antemano.

Lic. Veronica Victoria Soto