Hola Cassal:
Un placer saludarte, depende de muchas situaciones, ya que no señalas si la incapacidad es por enfermedad general o por riesgo de trabajo, si es por e.g. claro que no, mientras que la segunda recuerda que fue ocasionada por el propio trabajo, tambien no señalas desde cuando esta incapacitada para pagar vacaciones proporcionalmente al tiempo que si laboro, etc., mientras te anexo la siguiente jurisprudencia:
Novena Epoca
Instancia: Segunda Sala
Fuente: Apéndice 2000
Tomo: Tomo V, Trabajo, Jurisprudencia SCJN
Tesis: 703
Página: 577
VACACIONES Y PRIMA VACACIONAL. NO DEBE COMPRENDERSE EN EL SALARIO SU PAGO DURANTE EL PERIODO EN QUE SE SUSPENDIÓ LA RELACIÓN LABORAL POR INCAPACIDAD TEMPORAL OCASIONADA POR ENFERMEDAD O ACCIDENTE NO CONSTITUTIVO DE UN RIESGO DE TRABAJO.- El artículo 42, fracción II, de la Ley Federal del Trabajo establece como una de las causas de suspensión de las obligaciones de prestar el servicio y pagar el salario, sin responsabilidad para el trabajador y el patrón, la incapacidad temporal ocasionada por un accidente o enfermedad que no constituya un riesgo de trabajo. Por otra parte, de los artículos 76 a 81 del propio ordenamiento, deriva que las vacaciones son un derecho que adquieren los trabajadores por el transcurso del tiempo en que prestan sus servicios y que tiene por finalidad el descanso continuo de varios días que les dé la oportunidad de reponer su energía gastada con la actividad laboral desempeñada, sea ésta física o mental, gozando además de un ingreso adicional, denominado prima vacacional, que les permita disfrutar su periodo vacacional, y que no debe ser menor al veinticinco por ciento de los salarios que les correspondan durante dicho periodo. La interpretación relacionada de dichos preceptos permite concluir que no debe comprenderse en el salario el pago de vacaciones y prima vacacional durante el tiempo en que se encuentre suspendida la relación laboral, por incapacidad temporal ocasionada por accidente o enfermedad no constitutivo de riesgo de trabajo, puesto que al no existir prestación de servicios no se genera el derecho a vacaciones del trabajador, ya que no se justifica el descanso a una actividad que no fue realizada por causas ajenas a las partes y que dan lugar a que la ley libere de responsabilidad al patrón y al trabajador en la suspensión de la relación; liberación que debe entenderse referida no sólo a las obligaciones principales de prestar el servicio y pagar el salario, sino también a sus consecuencias, por lo que deben realizarse los descuentos proporcionales a tal periodo.
Novena Época:
Contradicción de tesis 61/97.-Entre las sustentadas por el Séptimo y Noveno Tribunales Colegiados en Materia de Trabajo del Primer Circuito.-23 de enero de 1998.-Cinco votos.-Ponente: Mariano Azuela Güitrón.-Secretaria: Lourdes Ferrer Mac Gregor Poisot.
Semanario Judicial de la Federación y su Gaceta, Tomo VII, marzo de 1998, página 384, Segunda Sala, tesis 2a./J. 15/98; véase la ejecutoria en la página 385 de dicho tomo
Saludos y estoy a tus ordenes.