Primero lo primero... !Bien Llegado a Casa!, atendiendo a lo que expones, comentar, me parece que en la pregunta va ímplicita la respuesta... Si el permiso que pretendes obtener es controlado y expedido por la Secretaría de Salubridad, obligado va a resultar que debes acudir a la Secretaría de Salubridad... Si realizas el planteamiento en forma distinta, por aquello de que la respuesta no sea lo que se busca, seguro estoy vas a obtener mejores comentarios que el de tu servidor.
¿Qué tipo de contribuyente es el que requiere el permiso, persona moral o física?, ¿Qué actividad desarrolla?, intento explicarme, negocios que manejan alimentos, a sus empleados se les obliga a obtener Tarjetas de Salubridad o Salud, estas las obtienen en los Centros de Salud, dependientes de la Secretaría de Salubridad. Igualmente este tipo de negocios deben obtener Licencias de Salubridad, las cuales expide directamente la Secretaría de Salubridad. En este punto conviene conocer la ubicación del domicilio en que se desarrolla la actividad, para poder facilitar el domicilio de las oficinas de la dependencia. Espero lo comentado resulte de utilidad.