Creo que la respuesta la encuentras perfectamente en tu planteamiento inicial, esto es, para comprobar la residencia en la habitación que se enajena tiene que ser a través de los comprobantes que acreditan tal situación y que son entre otros, el recibo de energia electrica, telefonica, estado de cuenta bancaria (Aunque este puede dar pie a una fiscalización), etc., mismos que deben de tener un lapso de antiguedad de 5 años, tal y como lo dispone el numeral antes invocado.
Por lo que respecta a que si un enajenante pueden vender dos casas cuando sea menor el precio de la limitante, pudieras toparse con un criterio del SAT, maxime que el numeral en cuestión habla del termino RESIDIR, que implica un establecimiento permanente en un lugar, tal y como lo es precisamente la casa habitación, en tal extremo, como acreditarias la residencia en dos o mas propiedades, es dificil, aunque nunca imposible.
Y por otro lado, en cuanto al IVA creo que ya lo respondio adecuadamente el colega.
"Se considera que las construcciones han sido destinadas a casa habitación cuando han sido utilizadas para ese fin durante los dos últimos años anteriores a su enajenación. Tratándose de construcciones nuevas se considera que son destinadas a casa habitación conforme a las especificaciones de inmueble, y a falta de éstas, habrá que recurrir a las licencias o permisos de construcción"
Lo de 1 por año es a "fuerzas" conforme a LISR
Y respecto a que los notarios "solicitan" comprobantes con antiguedad de por lo menos 6 meses, creo que por ahí en el CFF decia (o dice) algo sobre el domicilio particular (o algo similar)......me estan dando ganas de aguantarme la regañada y preguntarle al notario ¿alguien tiene un cliente que sea notario?