por mi experiencia, yo voy a que una cuenta de MAYOR no la pusistes como MAYOR... has lo siguiente
IMPRIME EL BALANCE GENERAL
IMPRE LOS ANEXOS AL BALANCE GENERAL SALDOS NO CEROS
CON EL ANEXO VERIFICA QUE LOS IMPORTES COINCIDAN CON EL QUE TE ARROJA EL BALANCE GENERAL... SI NO TE COINCIDE, ENTONCES AHI ESTA LA CUENTA QUE NO LO ACUMULASTE COMO MAYOR
Mira yo anteriormente he utilizado contpaq y al principio todo iba muy bien, me generaba todo lo que yo necesitaba pero al poco tiempo tuve un problema similar al tuyo. No supe que sucedio despues porque todas las cuentas nuevas que introducia no aparecian.
Al final de cuentas tuve que cambiar de programa (contafiscal 2000)y estoy muy a gusto con este.