RESUMEN DE NOMINA

Buen día!........

pues creo que si hay varias formas, si tienes 2 archivos mensuales, una opción, sería:

Copiar tus datos de cada quincena en un archivo nuevo, copias la primera, debajo la segunda, luego la tercera y así sucesivamente, luego, "ordenas" los datos por empleado, así tendras a todos tus empleados con sus afectaciones por nombre, ya luego solo sumas y tendras totales por cada empleado.

son 5 registros y cada uno tiene en promedio 300 trabajadores

Lo puedes hacer con una tabla dinamica, Abre el asistente para tablas dinamicas Eliges la opcion de rango de consolidacion multiple.