Por mandato de la LFT: "Se procurará que el día de descanso semanal sea el domingo"
Y: "Los trabajadores que presten servicio en día domingo tendrán derecho a una prima adicional de un veinticinco por ciento, por lo menos..."
Conforme a lo anterior, tomado del 71 LFT, el derecho al pago de la prima dominical, nace y/o se genera por la sola circunstancia de que el trabajador preste sus servicios en día domingo, sin que dicha disposición prevea un pago proporcional, esto en virtud de que esta prima no esta en función de los días laborados, sino por la sola prestación de servicios en día domingo.
Aún más; no puede haber un "pago proporcional", pues de hacerlo así, llegarías al caso de al cuantificiar el pago de la PV, el número (pesos) esta puede resultar menor al 25% previsto por el articulo 71, es decir, tu como patrón estarías contrariando una disposición laboral.
El hecho de querer hacer un "pago proporcional", desde otra óptica se traduce en una renuncia a los derechos laborales, esto dado que arbitraria y unilateralmente estas privando al trabajador del pago íntegro de su prima dominical, pues como resalté, este es un derecho, por tanto irrenunciable, conforme a la fracción XIII del art. 5 LFT.
Por todo lo anterior, debes pagar íntegra la PD a los trabajadores que laboren en día domingo.
SOLUCIÓN: Cambia los días de trabajo, x ejemplo en vez de trabajar V, S y D, que trabajen J, V y S, o V, S y D, pues al dejar de prestar servicios en domingo, dejara de generarse el derecho al pago de la PD.