Nada mas que confusion...
Vamos por partes...
El comprobante fiscal es documento con 2 sellos digitales para darle validez juridica, uno por parte del SAT y la FEA por parte del contribuyente.
Ahora programas oficiales no...
El comprobante fiscal es un comprobante que se "encripta" es decir se le ponen los 2 sellos mencionados y se transforma en un sello digital a traves de ciertas reglas emitidas por el SAT y se convierte en Sello digital.
Ya sabes cosa de candados informaticos para que no se puedan falsificar.
No, el comprobante no tiene que estar enlazado con el sistema contable, aunque eso seria lo indicado, pero solo para efectos de comprobacion, esto cuando lo recibimos.
Cuando lo emitimos existen 2 vertientes
Generado por medios propios, es decir en ese momento si debiera estar enlazado al sistema contable y este debiera tener una bitacora para ver los movimientos que se realizaron, cancelaciones y cosas similares...
Generado a traves de terceros.. es decir tu le das la informacion al tercero y el tercero autorizado lo genera por ti, aqui no esta de ninguna forma enlazado a tu sistema contable.
El comprobante fiscal digital es un archivo informatico "XML".
Lo que hacen la mayoria de las empresas es generar un archivo en PDF, como? facil tu tienes un diseño prediseñado y alli le ponen todos los datos del XML en el lugar que quieras.
Cuando tu emites un comprobante fiscal por tus propios medios el registro debe de ser automatico, de hecho es al reves, primero registras el movimiento y luego generas el comprobante.
Cuando lo haces a traves de terceros, pues la captura depende de ti, porque tienes que facturar en tu sistema y generar el CFD "Por fuera"
Cuando lo recibes, pues no, porque el comprobante no trae las cuentas de tus catalogos y no te va a decir que tipo de registro debe hacer, Activo Fijo, Gasto, inventario, etc.
Ahora con respecto a los precios, depende del sapo es la pedrada.
Los sistemas comerciales mas comunes de facturacion estan vendiendo su modulo de facturacion electronica a gran escala, por eso dan precios muy accesibles, SAE, SAI, etc.
Hay otros que son conectores para ERP, que van desde los 5000 USD, hasta los 12,000 USD, si... 12mil dolares.
Y hay otros que se hacen via Web (la mayoria) que el costo va en funcion de los comprobantes que emitas, es decir te los venden por bloques... no se algo asi como que 100 movimientos por 500 pesos.
Espero haya agrandado tus dudas... jaja, cualquier cosa estamos a tus ordenes para agrandar las dudas...